El complejo de Eisenmenger se asocial usualmente a CIV no tratadas. Inicialmente, la presión en el ventrículo izquierdo es mayor a la del ventrículo derecho por lo que el corto-circuito es de izquierda a derecha.  Esto produce un aumento de flujo a los pulmones a través de la arteria pulmonar y con frecuencia, hipertensión pulmonar.

Esta presión lesiona las arteriolas pulmonares, y gradualmente eleva la resistencia al flujo pulmonar hasta que el flujo por la CIV se invierte y mueve la sangre de derecha a izquierda. Como resultado, ocurre cianosis (color azulado producto de una baja saturación de oxígeno en la sangre arterial) porque la sangre pobre en oxígeno pasa por la CIV del ventrículo derecho al ventrículo izquierdo y de ahí a los tejidos corporales por medio de la aorta.

El daño que causa la presión arterial pulmonar alta puede no ser reconocido hasta fases tardías de la vida, cuando el paciente se convierte en cianótico y experimenta cansancio con el ejercicio, sobre todo si vive en una altitud elevada.