El paciente con el complejo de Eisenmenger experimentará ciertas limitaciones con el ejercicio porque sufre de fatiga y/o dificultad para respirar (disnea).  Además, debe evitar circunstancias que lo (la) expongan al calor por periodos prolongados, el riesgo de deshidratación y las alturas. Será necesario hacer algunas pruebas para determinar los niveles seguros de ejercicio.

Cualquier persona con un defecto cardiaco congénito, reparado o no reparado, debe consultar a su cardiólogo sobre los riesgos de realizar alguno de los diferentes tipos de ejercicio físico.